「引而不发」新冠病毒疫源地之争

作者：徐鸿鹄  来源：SerendipityCamp

　　几天来，先有钟南山的惊人论调：“疫情不一定是发源在中国。”
　　后有新媒体的巨擎占壕，呼吁重新审理去年12月的无人机投放病毒案件，剑指美国是新冠的幕后黑手。
　　而上海市新冠肺炎临床救治专家组组长，复旦大学附属华山医院感染科主任张文宏在接受《中国日报》专访时，却钦赐了这个观点一个大大的NO。
　　作为看热闹不嫌事大的旁观者，并没有看到预想当中的口水战。
　　那么，究竟谁对谁错呢？
　　翻阅各个消息来源，我始终没有找到支持钟院士这一观点的有力论据，反而是张文宏主任给出了他反驳的理由：如果病毒是从国外传进来的，应该是多个城市同时爆发，而不是不同爆发地点的时间有先后。
　　这个理由是否成立呢？
　　事实上，辨别是非并不需要长篇大论。只需要解答两个核心问题：
　　病毒源头是否来自国外？有证据嘛？
　　如果来自国外，病毒应该是多点爆发，还是单点（武汉）爆发后扩散？
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　　病毒源头是否来自国外？有证据嘛？
　　当然，第一手的证据不难找，半个多月前就有了：
　　早在2020年2月12日，一个来自国际团队发表的一篇名为《2019-nCoV的全球传播：分子进化分析》论文当中，五位作者通过对病毒分离株进行MCC树和贝叶斯方法进行地理重建，还原了早期病毒传播的流行病史。
　　值得注意的是，病毒地理分化的历史得到了具体案例的佐证。

　　通过复盘发现，2019年nCoV的可能来源是武汉，其后验概率（spp）为0.93。
　　值得注意的是，可追溯到人类最新共同祖先（tMRCA）爆发的时间中值日期是2019年11月25日（95%HPD:2019年9月28日；2019年12月21日）。这与前文Kristian Andersen，Andrew Rambaut，Louisdu Plessis，Trevor Bedbord多个科学家估算的时间非常接近。
　　在地理学上，该文指出，新冠病毒第一个地理分化证据是从中国武汉到泰国的Nonthamburi，后验概率spp为0.96，随后出现了两个不同的谱系：
　　一支在Nonthamburi进一步传播。
　　另一支则比较复杂：从宁波开始到浙江（后验概率=0.47），以及从浙江到日本神奈川和关东（后验概率=0.62），和从宁波到珠海（后验概率spp=0.45）。
　　而美国最早出现在芝加哥的，西雅图和华盛顿州的病例，则与广东珠海的分离株有关，这也符合新闻报道：有病人从中国该地区返回美国，然后被诊断。

　　结合前文的分析，可以给出以下俩个结论：
　　-病毒出现日期是在2019年11月：至少有5项独立研究的佐证。
　　-病毒发源地武汉的概率最大：至少有数个基因样本系统发育树，以及上面这篇专门讨论地理重建的论文来佐证。
　　突然，有人说：“不对啊！“
　　”我刚看到一篇来自中国科学院西双版纳热带植物园的郁文彬副研究员的论文，
　　里面的数据跟你的得出的结论不一样啊！“

　　”你看，人家台湾媒体都解读了：相比携带病毒H1单倍型的华南海鲜市场接触者，还有一位携带更“古老的“H3病毒单倍型的来自武汉的无海鲜市场接触史携带者，再向上追溯，还有H38和H13单倍型，而H38和H13，一个来自美国，一个来自深圳。再有，中国武汉病例很多，大部分都来自C族群，但美国病例不多，却ABCDE五个族群都有，这不就是病毒从美国传入的铁证么？美国就是个大毒枭啊！“
　　真别说，似乎有那么点道理。
　　不过在对H3，H38，H13的流行病学史做调查时，却遇到了难题：
　　显而易见，19例海鲜市场接触患者的确诊时间，大部分都比H3（1月6日确诊），H38（1月中下旬确诊），H13（1月3日确诊）的几个患病孤例都要早。
　　于是问题就出来了：既然父辈病毒来自美国，那为什么子辈病毒发病时间要早于父辈病毒至少半个月呢？
　　继续调查还会发现更奇怪的事情：H13和H38的的旅行记录表明，2019年12月底至2020年1月初他们都来过武汉，但没有去过华南海鲜市场。难道，H13和H38到访武汉并通过时光机回到过去把病毒传染给了武汉人？
　　事实是，手动搜索H13和H38的患病历史，各国报道已经清晰地表明，H13和H38都是在武汉感染的病毒，并将病毒带回自己的家乡。
　　那么，论文和事实之间的矛盾出在哪里呢？
　　实际上，郁文彬研究员早已经在他的论文当中给出了答案：由于单倍型的网络分析方法单一，构建网络只用了Median-Joining方法。而不同的方法会产生不同的网络结构，仅仅使用一种方法可能会产生误导性的结论，而有限的样本数量更加剧了这个趋势。
　　换句话说，是模型错了，而不是人类发明了时光机。
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　　如果来自国外，病毒应该是多点爆发，还是单点爆发后扩散？
　　既然开篇的第一个问题被否定了，就没有必要回答第二个问题了。
　　但我仍然好奇：如果假定第一个问题成立，能否通过回答第二个问题来否定第一个问题呢？
　　恰好，最强有力的证据已经驾到。
　　就来自邻国日本。
　　在日本，有一家生物数据公司叫做Nihon Bio Data，是日本青年学者创办的受托研究分析各种生物数据和信息的机构，专门提供咨询服务。
　　该公司最近通过分析来自日本，美国和台湾的48个近乎完整的病毒基因组序列，给出了惊人发现：

　　入侵台湾、美国和日本的病毒入侵都是独立发生的
　　而且，日本爱知，京都，东京三个地点的病毒入侵也都是独立发生的
　　这个结论是如何给出的呢？下面就是证明：

　　研究人员共对比了48个样本，基因序列共计29742个核苷酸，共发现了69个变异位点。

　　69个变异位点当中，又识别出了13个特征位点，其中3个位点非常重要：
　　第一个重要位点是参考SARS-Cov-2基因组（MN908947）的8782-nd核苷酸。参考核苷酸为C，替代核苷酸为T；第二个重要位点是参考SARS-Cov-2基因组（MN908947）的28144个核苷酸。参考核苷酸为T，替代核苷酸为C；第三个重要位点是参考SARS-Cov-2基因组（MN908947）的第29095个核苷酸。参考核苷酸是C，替代核苷酸是T。
　　按照这三个关键位点的氨基酸命名，可以把48个样本分成三类：CTC，TCC，TCT。这种分类揭示了新冠病毒的突变分化历史。

　　通过对三个类别进行地理识别，研究人员发现，在台湾、美国和日本的城市中发现的病毒都没有与在同一国家的其他城市发现的病毒在系统发育树当中形成一个单系分支。而且系统发育分析表明，多代新冠病毒多次来到日本，并非一次。
　　更确切的说：
　　在东京发现的是外来第一代新冠病毒
　　神户和名古屋外来的是第二、三代
　　钻石公主号外来的是第四代
　　在中国，这个RNA病毒已经发生了五代（湖北和浙江）甚至六代（武汉）变异。
　　这些结果表明，当前日本的政策，很难对这种病毒实施有效的边境管制措施——仅从12月到1月初，就有约100万中国游客到访日本，而日本政府最近采取的停课停业2周措施，目的正是为阻止第五代以后的变异病毒感染，防止病毒在日本继续无休止地变异，并感染健康者。
　　好了，为了回答开篇的问题，不妨对这项日本的研究进行换位思考：如果病毒是从国外（比如美国）传进中国的，最能够观察到的模式似乎更应该是，在中国的多个城市同时爆发——现今日本的情况就是最好的例证。
　　如果武汉病毒跟随“美国流感”自然传播混入中国，作为国际交通枢纽的北上广深，都是比武汉更容易受到输入病毒影响的，但为什么病毒偏偏首先选在了武汉爆发并在此后才扩散到北上广深等城市呢？
　　从这一反问，就能自然地识破一些阴谋论的说法了。
　　而且，本号此前翻译的一篇流行病论文曾经指出，1月23日武汉旅游禁令实施后，占据80%国内出境人口的前3名的中国城市分别是：上海（27.85%）/北京（14.28%）/深圳（13.68%），而1月23日武汉旅游禁令实施前，84%的国际出境来自武汉。
　　可见，病毒爆发的原点是在武汉，无数人都在关键时刻逃离原爆点，而且早期国际感染案例的统计也表明，武汉接触史是一个显著特征。

　　写到这里，开篇第二个问题的答案已经很清晰了。
　　但是，推理还有一个漏洞：是否有人携带病毒从国外带到武汉并引爆了这场瘟疫？
　　只可惜，关于这个大胆的猜测，目前并没有得到任何关键证据的支持：
　　前文诸多线索已经显示，病毒人工编辑的可能性已经微乎其微，野生动物的自然来源仍然是最值得怀疑的方向。但零号病人的调查谜团又无法解释XX避谈关键信息的动机，再加上钟老匪夷所思缺乏论据支持的观点，似乎，在这个万众瞩目的焦点上，未来必定还会出现更多形形色色的阴谋论的说法。
　　该来的一定会来，
　　甚至还有些期待，
　　下一个阴谋又会是什么呢？

来源时间：2020/3/2   发布时间：2020/3/1

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